潰瘍性大腸炎の基本基準薬としては、５ASA製剤と言われる、ペンタサ、サラゾピリンそして最近開発されたアサコールなどがあります。５ASA製剤は、副作用が少ないために、一般的には軽症の場合と寛解維持のために使われます。重症の炎症を抑えるための薬としてはプレドニンなどのステロイド薬がありますが、長期に使うとさまざまな副作用がでることが多く、最近は寛解維持のためには使わないようになりました。そのほかには免疫調節剤としてイムラン、ロイケリン、あるいは生物学的製剤としてレミケード、ヒュミラなどがあります。人によっては強い副作用が出る場合もありますが、治療薬の選択肢が増えたことにより手術を回避することができたという患者もいます。